D2IM

Le département d'informatique biomédicale (D2IM) de l'hôpital universitaire de Rouen a travaillé historiquement sur l'indexation manuelle et automatique des ressources sanitaires sur Internet. Depuis plus de 20 ans, l'équipe se concentre sur l'utilisation de vocabulaires contrôlés (comme les terminologies) pour représenter un contenu plus diversifié (citations bibliographiques, dossiers patients...). L'expertise en matière d'ingénierie du savoir est un atout majeur puisque les outils d'exploitation des données d'aujourd'hui dépendent principalement des bases de données sur les connaissances (inférence, raisonnement, etc.). 

Plus précisément, le D2IM développe et maintient le portail de la terminologie et de l'ontologie de la santé (HeTOP) qui contient plus de 70 terminologies/ontologies en plusieurs langues (plus de 360 000 concepts de santé en français). Ces ressources sont mappées pour créer une sémantique  "Super-Network " stockage des connaissances et de l'intelligence. 

De plus, le D2IM fournit un outil d'annotation de texte appelé CEMT (extracteur de concepts multi-terminologique). Il consiste en un ensemble de programmes qui vise à identifier les concepts terminologiques pertinents dans les textes, en particulier dans les textes médicaux. 

Le D2IM est également spécialisé dans la recherche d'informations et, de facto, dans les moteurs de recherches basés sur des vocabulaires contrôlés. Pour cette raison, en plus du développement d'un moteur de recherche dédié au catalogue CISMeF et à la base de données bibliographiques LiSSa, l'équipe a conçu un générateur de liens appelé InfoRoute (infobutton) à diverses bases de données (telles que PubMed, HAS, BDSP, etc.). Il tire parti des capacités maximales de chaque moteur de recherche ciblé en termes de grammaires et de sémantiques dédiées, afin d'améliorer la précision et le rappel des requêtes formulées en langage naturel. Ces outils, basés sur Java 8, traitent d'une grande quantité de données et sont donc construits sur une haute performance IMDG (en mémoire de données grille) habilitée par des algorithmes parallèles. Ceci est réalisé grâce à un cluster de plusieurs serveurs qui sont capables de traiter ces données (56 à 144 cœurs avec 224Go à 1pour de RAM). 

Pour certaines tâches, D2IM travaillera avec le DUMG de Rouen (département universitaire de médecine générale). 

Membres

DAHAMNA Badisse
Ingénieur, MSc
Expert en interopérabilité
DARMONI Stefan J
Professeur, MD, PhD
Directeur de D2IM - aide à la coordination
GROSJEAN Julien
PhD
Coordinateur des process de travail 4, 5 et 6
KERDELHUE Gaetan
Bibliothécaire en santé
Expertise on annotation evaluation
LELONG Romain
Ingénieur, doctorant
Ingénieur contractuel pour les développements
LETORD Catherine
Bibliothécaire en santé
Experte en ressources terminologiques
SCHUERS Matthieu
MD, PhD
Coordinateur avec DUMG (process de travail 1 et 8)